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Generic

Antonio Ovalle Carcaño

Guadalupe, Nuevo León

Summary

Biólogo molecular y bioinformático (en formación) con sólida experiencia en investigación biotecnológica aplicada. Especializado en el desarrollo de flujos de trabajo para análisis bioinformático de datos NGS y de métodos de diagnóstico molecular para la detección de patógenos. En busca de oportunidades para avanzar en mi carrera científica y contribuir al éxito de la organización que confíe en mí.

Overview

7
7
years of professional experience

Work History

Especialista De Investigación

Grupo de biotecnología sostenible y aplicada del Tec de Monterrey
03.2022 - 01.2025

Participación en los siguientes proyectos, realizando diversas actividades:

  • Proyecto: Identificación de genes de resistencia a antibióticos y de degradación de hidrocarburos en aguas residuales mediante metagenómica tipo shotgun.

-Detecté 40 genes relacionados con resistencia a antibióticos y 29 genes implicados en la degradación de hidrocarburos mediante análisis bioinformático de datos de secuenciación.

  • Proyecto: Análisis transcriptómico comparativo de plantas nativas de café tolerantes y altamente susceptibles a la roya.

-Realicé el análisis de expresión diferencial de 24 muestras e identificación de perfiles transcriptómicos asociados con los fenotipos analizados.

-Llevé a cabo el análisis de enriquecimiento funcional de los genes diferencialemente expresados en las variedades y condiciones estudiadas.

  • Proyecto: Monitoreo de patógenos en aguas residuales de campus del Tec de Monterrey y plantas de tratamiento en el área metropolitana.

-Estandaricé más de cinco pruebas moleculares por qPCR para detectar patógenos de interés en salud pública e industria.

-Generación de reportes en Google Data Studio.

  • Proyecto: Desarrollo de un panel de mutaciones para el monitoreo de variantes circulantes de SARS-CoV-2 en México mediante qPCR.

-Diseñé, validé y estandaricé un panel de genotipificación por qPCR para vigilancia epidemiológica de cinco linajes del SARS-CoV-2.

  • Otras actividades:

-Redacción de propuestas de investigación para obtención de fondos y redacción de artículos científicos.

-Capacitación de recursos humanos (estudiantes de pre y posgrado).

Investigador de posgrado

Departamento De Bioquímica Y Medicina Molecular, Facultad De Medicina, UANL
01.2019 - 01.2022
  • Proyecto: "Identificación y evaluación en pacientes con síndrome depresivo mayor, de variantes genómicas asociadas al suicidio obtenidas por secuenciación de exoma dirigido."

-Ejecución de estudio transversal para evaluar variantes genéticas potencialmente patógenas en pacientes psiquiátricos y controles sanos.

-Aplicación de herramientas clínicas validadas para evaluar riesgo suicida y condiciones de salud mental de los participantes.

-Extracción de ADN a partir de sangre y control de calidad para NGS.

-Análisis bioinformáticos centrados en variantes de línea germinal asociadas a fenotipos psiquiátricos.

-Ensayos de genotipificación por SNP con sondas TaqMan pre-diseñadas en estudios de asociación caso-control.

-Preparación de documentos técnicos y protocolos para revisión y aprobación del Comité de Ética.

-Manejo de software estadístico (SPSS) para el análisis de datos clínicos y epidemiológicos.

Bioinformático freelance /Consultor independiente

.
01.2023 - Current
  • Análisis bioinformático de datos de secuenciación (NGS y Sanger) para clientes en investigación académica y clínica.
  • Se generaron informes que detallaban hallazgos y recomendaciones.

Education

Maestría Oficial - Bioinformática

Universidad Internacional De Valencia
Remote
04-2026

Maestría en ciencias - Biología Molecular e Ingeniería Genética

Facultad de Medicina, Universidad Autónoma de Nuevo León (UANL)
01.2022

Técnico - Desarrollo De Software

Facultad De Ingeniería Mecánica Y Eléctrica, UANL
San Nicolás De Los Garza, Nuevo León, Mexico
01.2018

Licenciatura - Biotecnología Genómica

Facultad De Ciencias Biológicas, UANL
San Nicolás De Los Garza, Nuevo León, Mexico
01.2017

Skills

Habilidades blandas

  • Pensamiento crítico
  • Capacidad de aprendizaje continuo
  • Toma de decisiones basadas en datos
  • Comunicación y divulgación científica
  • Trabajo en equipos multidisciplinarios
  • Resiliencia

Habilidades Técnicas y de Investigación

  • Análisis de datos
  • Buenas prácticas en manejo de datos
  • Buenas prácticas de laboratorio
  • Programación y scripting
  • Visualización y reporte de datos
  • Control de versiones (Git y GitHub)
  • Herramientas de diagnóstico molecular
  • Entornos de computación de alto rendimiento
  • Desarrollo de protocolos de investigación

Software

Bash

R

Python

Javascript

SQL

C

SAS Viya

SPSS

Idiomas

English
Upper intermediate (B2)

Interests

Microbioma

Medicina personalizada

Medicina traslacional

Genómica

Diagnóstico molecular

Accomplishments

  • Coautor de la propuesta de proyecto aprobada titulada: 'Identificación de biomarcadores genómicos asociados al suicidio', para la Convocatoria 'Atención a Problemas Nacionales' del CONACYT 2017.
  • 2.º lugar en el 5.º Concurso Nacional de Tesis sobre Prevención del Suicidio, durante el 8.º Congreso Internacional sobre Prevención del Suicidio, septiembre de 2019.
  • 1.º lugar en el 6.º Concurso Nacional de Tesis sobre Prevención del Suicidio, durante el 9.º Congreso Internacional sobre Prevención del Suicidio, octubre de 2022.

Publicaciones

  • Anthropogenic activities and COVID-19 effects on natural water bodies: Arroyo Seco's case, Coronado-Apodaca, K. G., Aguayo-Acosta, A., Armenta-Castro, A., Rodríguez-Aguillón, K. O., Ovalle-Carcaño, A., Meléndez-Sánchez, E. R., Martín, H., 2023, Water Emerging Contaminants & Nanoplastics
  • Passive Sampler Technology for Viral Detection in Wastewater-Based Surveillance: Current State and Nanomaterial Opportunities, Aguayo-Acosta, A., Jiménez-Rodríguez, M. G., Silva-Lance, F., Oyervides-Muñoz, M. A., Armenta-Castro, A., de la Rosa, O., Sosa-Hernández, J. E., 2023, Viruses, 15, 9, 1941
  • Omicron and Delta variant prevalence detection and identification during the fourth COVID-19 wave in Mexico using wastewater-based epidemiology, Aguayo-Acosta, A., Oyervides-Muñoz, M. A., Rodriguez-Aguillón, K. O., Ovalle-Carcaño, A., Romero-Castillo, K. D., Robles-Zamora, A., Johnson, M., Parra-Saldívar, R., Sosa-Hernández, J. E., 2024, IJID regions, 10, 4451
  • Academic institution extensive, building-by-building wastewater-based surveillance platform for SARS-CoV-2 monitoring, clinical data correlation, and potential national proxy, Armenta-Castro, A., Oyervides-Muñoz, M. A., Aguayo-Acosta, A., Lucero-Saucedo, S. L., Robles-Zamora, A., Rodriguez-Aguillón, K., Ovalle-Carcaño, A., Parra-Saldívar, R., Sosa-Hernández, J. E., 2024, medRxiv, 2024-09-01

Additional Information

Análisis Comparativo de Genomas Microbianos: Pangenómica y Filoinformática – UNAM, Julio–Agosto 2019

Crash Course "Análisis de microbiota 16S" – ATGenomics, Noviembre 2021

CDSB 2022 Workshop: Advanced Metagenome Analysis. Creating Your Analysis Pipelines with R/Bioconductor – Nodo Nacional de Bioinformática, Agosto 2022

Ensamblaje de plásmidos a partir de datos de lecturas largas de Oxford Nanopore – Tecnológico de Monterrey y Biosystems Corp. , Marzo 2025

Covid-19 Genomic Global Training: SARS-CoV-2 Bioinformatics for Beginners – Wellcome Sanger Institute, Octubre–Noviembre 2022

Timeline

Bioinformático freelance /Consultor independiente

.
01.2023 - Current

Especialista De Investigación

Grupo de biotecnología sostenible y aplicada del Tec de Monterrey
03.2022 - 01.2025

Investigador de posgrado

Departamento De Bioquímica Y Medicina Molecular, Facultad De Medicina, UANL
01.2019 - 01.2022

Maestría Oficial - Bioinformática

Universidad Internacional De Valencia

Maestría en ciencias - Biología Molecular e Ingeniería Genética

Facultad de Medicina, Universidad Autónoma de Nuevo León (UANL)

Técnico - Desarrollo De Software

Facultad De Ingeniería Mecánica Y Eléctrica, UANL

Licenciatura - Biotecnología Genómica

Facultad De Ciencias Biológicas, UANL

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Antonio Ovalle Carcaño